Im Allgäu fanden im Jahre 1936 die ersten Stuten ihr neue Heimat, denen in den folgenden Jahren eine größere Anzahl folgte. Insbesondere auf Initiative des damaligen Zuchtleiters der AHG Immenstadt, Dr. Wolf, konnte sich diese neue Pferderasse schnell im Oberallgäu ausbreiten.

Erste Züchter waren Hans Schneider, Hofs, und Erich Dwinger, Hedwigshof, denen sich Willy Reichert, Allgäuer Berghof, und Theodor Sontheim, Greuth, sowie Franz Mayer, Kierwang, Konrad Schneider, Stoffels, Michael Allgaier, Weiher und Heinz Otto, Sigiswang, bald anschlossen.

So waren 1942 insgesamt 21 Züchter mit 30 Stuten Mitglied des Pferdezuchtverbandes Schwaben, wurden in der Zuchtbuchführung jedoch von München aus betreut.

Am 22. Januar 1943 schlossen sich diese ersten Haflingerzüchter des Oberallgäus zur "Oberallgäuer Haflingerzuchtgenossenschaft" zusammen und

wählten Michael Allgaier, Weiher, zum 1. Vorsitzenden, der dieses Amt bis 1962 bekleidete.

Von 1962 bis 1977 führte Willi Walser, Freundbolz,

von 1978 bis 1991 Alois Vogler, Maderhalm, die Genossenschaft.

Von 1992 bis 2002 war Siegfried Babel - Ehrenvorsitzender seit 15.02.2022 - 1. Vorsitzender. 

Von 2002 bis 2018 war Ludwig Köpf, Schwangau, 1. Vorsitzender.
Seit 2018 ist Barbara Müller, Obermaiselstein, 1. Vorsitzende

Zwischenzeitlich wurde das Einzugsgebiet der Genossenschaft, ursprünglich die Kreise Sonthofen, Kempten und Lindau, auf die Kreise Unterallgäu und Ostallgäu ausgedehnt und der Name in "Allgäuer Haflingerzuchtgenossenschaft” erweitert.

Wesentlich beeinflusst wurde die Entwicklung der Haflingerzucht durch die im Zuchtgebiet aufgestellten Hengste.  In den Anfangsjahren der Zucht bestand keine Möglichkeit im Allgäu bei einem Haflingerhengst zu decken, bis Hans Schneider 1938, "Elmar 6" (als Leihhengst) nach Hof brachte. 

Von drei Hengsthaltungen im Jahr 1948 mit je einem Hengst entwickelten sich, mit zunehmender Stutenzahl, die Hengsthaltungen auf eine das gesamte Allgäu abdeckende Zahl von 7 Hengsthaltungen, mit 10 anerkannten Hengsten (Stand 2003).

Die Absatzfrage in der Haflingerzucht war vor und während des Krieges kein Problem, da die Heeresfohlenhöfe (hier im Allgäu Gschwend-Stiefenhofen) alle nicht in Züchterhand verbleibenden Haflinger aufnahm.

Mit der Einführung der Fohlenabsatzveranstaltungen im Jahr 1948 in Immenstadt, ab 1953 in Sonthofen und ab Mitte der sechziger Jahre in Kempten, entwickelte sich der Hauptabsatz der Haflinger zum Fohlenabsatz hin.

Die Zahl der vermarkteten Fohlen betrug bis zum Umzug nach Kempten jährlich bis zu 30 Fohlen. Anfangs der neunziger Jahre stieg die Zahl der Marktfohlen auf nahezu 200, so dass es notwendig war, eine zweite Auktion in Buchloe zu veranstalten. 

Inzwischen hat sich die Nachfrage vermehrt zum fertigen Pferd gewandelt, so dass der Fohlenmarkt weniger beschickt wird. Die Fohlen verbleiben zum größten Teil in ihren Heimatställen, werden mit drei Jahren ausgebildet und dann als Zucht- oder Gebrauchspferd verkauft. 

In den letzten Jahren gingen Allgäuer Haflinger in fast alle europäischen Staaten, darunter auch zurück ins Ursprungsland Südtirol. Sogar in den USA stehen heute Haflinger aus dem Allgäu.

Die Entwicklung der Haflingerzucht im Allgäu in Zahlen: